حاج آقا روح الله خیلی تلاش کرد مانع اعدام نواب صفوی و یارانش شود اما نتوانست آقای بروجردی را قانع کند. شنیده شده در این ماجرا خیلی به آقای بروجردی اصرار کرد و حتی عمامه اش را هم زمین زده بود و گفته بود: «آقا از این سید حمایت کنید می‌خواهند اعدامش کنند.» شنیده شده که به سه نفر از شخصیت های مشهور هم نامه نوشت، تاثیری نداشت. ناراحت و عصبانی به خانه برگشت عبایش را به گوشه ای پرتاب کرد. همسرش پرسید نتوانستید کاری بکنید. گفت: نخیر! ایشان می‌گوید من کاری به این کارها ندارم.

 نواب صفوی و یارانش را اعدام کردند. تعدادی ایراد می‌گرفتند که باید حرمت لباس حفظ می‌شد و با لباس روحانیت اعدام نمی‌شد. اما حاج آقا می‌‎گفت باید روحانی با لباس روحانیت شهید شود تا مردم بفهمند و آگاه شوند که این ها در صحنه هستند. فرزندش آقا مصطفی خمینی در یادداشت هایش نوشته است: «فدائیان اسلام در سکوت مرگبار علما تیرباران شدند.» و فرزند دیگرش احمدآقا خمینی می‌گوید پدرش از اعدام نواب و یارانش و سکوت علما خیلی ضربه روحی خورد.۱

۱. دایره‌المعارف مصوّر تاریخ زندگی امام خمینی، جعفر شیرعلی‌نیا، نشر سایان، صفحه ۶۱